مدیریت امور بین‌الملل آزمایشگاه ملی نقشه‌برداری مغز ایران با هدف ایجاد، توسعه و تثبیت تعاملات علمی و فناورانه در سطح جهانی، به عنوان یکی از ارکان راهبردی این مجموعه تأسیس شده است. این بخش با تمرکز بر توسعه و گسترش مرزهای دانش، تسهیل همکاری‌های بین‌المللی و ارتقاء جایگاه علمی کشور در حوزه علوم اعصاب شناختی و نقشه برداری مغز ، بدنبال بستری پویا و ساختارمند برای ارتباط با دانشگاه‌ها، موسسات پژوهشی، نهادهای آموزشی پژوهشی و شبکه‌های علمی جهانی است.

مأموریت این بخش، فراهم‌سازی زیرساخت‌های ارتباطی و اجرایی برای مشارکت فعال در پروژه‌های بین‌المللی، تبادل دانش و تجربه، و هم‌افزایی علمی میان پژوهشگران ایرانی و جامعه جهانی علوم اعصاب شناختی، حوزه نقشه برداری و پردازش داده های مغزی است. چشم‌انداز ما، تبدیل شدن به یکی از قطب‌های منطقه‌ای در حوزه دیپلماسی علمی و نقشه‌برداری مغز، با تأکید بر نوآوری، حرکت در مرزهای دانش و تعاملات پایدار است.